復旦大學化學系教授楊芃原團隊、中科院計算技術(shù)研究所研究員賀思敏團隊、國家蛋白質(zhì)科學中心（上海）研究員黃超蘭團隊合作研究，創(chuàng)建了基于質(zhì)譜的高通量糖基化肽段分析方法pGlyco2.0，為N糖蛋白質(zhì)組學提供了新技術(shù)。今天，相關(guān)研究成果以《pGlyco2.0：基于綜合質(zhì)控和一步質(zhì)譜法的N糖蛋白質(zhì)組學糖肽分析方法》為題發(fā)表于《自然·通訊》。
據(jù)悉，楊芃原、賀思敏和黃超蘭為共同通訊作者。楊芃原為該文的Lead Contact。
糖基化是zui復雜的蛋白后修飾之一。與其他蛋白后修飾相比，糖基化不但會產(chǎn)生宏觀不均一性（每個蛋白上可能有多個后修飾位點），更會產(chǎn)生海量的微觀不均一性（每個位點上可能有幾十甚至上百種不同的后修飾基團）。此外，糖鏈本身的離子化效率很低。這些因素的結(jié)合使得糖基化分析的通量和質(zhì)量遠低于蛋白質(zhì)組學的常規(guī)分析水平。
這項研究通過深入研究和測試質(zhì)譜條件，開發(fā)基于階梯能量的一步質(zhì)譜采集法，提高了糖肽鑒定的通量和開發(fā)具有自主產(chǎn)權(quán)的pGlyco2.0糖肽檢索引擎，從糖鏈、肽段、糖肽三個層面對糖肽數(shù)據(jù)庫檢索進行質(zhì)控，從而大幅提升了N糖蛋白質(zhì)組學分析的通量和質(zhì)量。
同時，研究人員將重標元素應用于糖肽鑒定準確度分析，為該領(lǐng)域的質(zhì)控分析提供了新的方法及標準。
專家表示，這項研究報道了目前zui大的糖基化數(shù)據(jù)集：在1%的假陽性率下，在小鼠的五個臟器種鑒定到了超過一萬條N糖肽。
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